در مدتی کوتاه پس از انقلاب اسلامی، بروز جنگ تحمیلی و وجود تعداد بی‎شماری مجروحین جنگی، جراحان مملکت را با وظیفه‎ای دشوار و بی‌نهایت مهم روبرو کرد. عدم آشنائی جراحان ما با درمان جراحان جنگی که به کلی با طبابت جراحی معمولی متفاوت است نیز بر مشکلات موجود افزود. در شرایط فوق وجود یک تشکل علمی برای کمک به افزایش دانش جراحان و آشنا کردن آنها به نحوة درمان مجروحین جنگی و همچنین پیشرفت‌های جراحی در سطح دنیا کاملاً ضروری به نظر می‌رسید. در 26 آذر ماه سال 1364 به همت معدودی از جراحان به عنوان هیأت مؤسس دعوتی به صورت عام از جراحان بعمل آمد و هفتاد و چهار نفر در آن شرکت کردند و اولین هیأت مدیرة جامعه جراحان ایران بر طبق اساسنامه‎ای که به تصویب وزارت کشور رسید انتخاب شد و جامعه جراحان ایران متشکل از تمامی انجمن های رشته‌های مختلف جراحی قدم به عرصة وجود گذاشت. در مقدمه اساسنامه هدف از تشکیل جامعه جراحان ایران به این شرح توصیف شده است: " نظر به لزوم انسجام و همبستگی بین جراحان کشور و با توجه به وجوه مشترکی که از نظر علمی و عملی بین رشته‎های مختلف جراحی وجود دارد و به منظور پیشبرد و ترقی و تعالی حرفة جراحی در ایران و با حفظ موجودیت و اصالت انجمن‎های تخصصی جراحی در رشته‌های مختلف، جامعة جراحان ایران بر طبق اصول و ضوابط مندرجه در اساسنامه تأسیس می‌شود." در مدت کوتاهی پس از تأسیس جامعة جراحان ایران شاخة اصفهان جامعه شکل گرفت و در طی سال‌های بعد شاخه‎های شیراز، خراسان، تبریز، گیلان، مازندران و ... نیز فعال شدند. اولین کنگرة علمی جامعة جراحان در بیست و دوم بهمن ماه سال 1363 در شرایط بسیار دشواری در اصفهان برگزار گردید. حضور فعال و حمایت بی‌دریغ وزیر فرهنگ و آموزش عالی وقت که خود از بنیان‌گزاران جامعه بود، تأثیر بسزائی در این روند داشت. این تجربه تأثیر قابل توجهی در تثبیت و پیشرفت روزافزون فعالیت‌های جامعة جراحان ایران به جا گذاشت که در حال حاضر نیز ادامه دارد.